Opcje Renderingu

Podstawa opcją renderingu w Swiss-PdbViewer jest "mod wireframe", bez sortowania głębokości. Ten mod jest wystarczająco dobry do pracy z proteinami. Niestety czasami (dla publikacji), będziesz potrzebował lepszej jakości zdjęć. Dlatego program obsługuje jeszcze dwa mody OpenGL - pozwalające na opcje "Display:Render in 3D", lub użycie Pov-Ray.

Abyś mógł się orientować jakie zdjęcia mogą być wygenerowane, spójrz na stronę zawierającą to samo zdjęcie wygenerowane przy pomocy różnych metod renderingu.

Open GL

Open GL może generować zdjęcia bardzo dobrej jakości całkiem szybko, które mogą być odtworzone przez stare gruchoty (wolniejsze maszyny).

Parametry

Możesz modyfikować niektóre z parametrów renderingu takie jak promień wiązań, promień atomów, wygładzanie renderingu itp. itd. z pomocą opcji "3D Rendering" znajdujących się w menu "Preferences".

Zwiększając wygładzenie, zwiększy się ilość trójkątów tworzących grafikę co w efekcie polepszy wygląd obrazka ale dramatycznie wydłuży czas renderingu. :/ Dlatego dobrym pomysłem będzie ustawienie niskiej rozdzielczości, i zwiększenie parametrów renderingu tylko wtedy kiedy wszystko jest ok.

         Gładkość       Liczba trójkątów użyta do: 
 
                          opisuje jedną sferę:
 
 
 
              1                     8
 
              2                    18
 
              3                    32
 
              4                    72
 
              5                   162
 
              6                   200
 
              7                   288
 
              8                   450
 
              9                   648
 
             10                   800
 
             11                  1800
 
             12                  4050
 
             13                  7200

Zauważ że możesz również prowadzić rendering obrazka w tle pracując w innych aplikacjach. Powinieneś być w stanie pracować względnie bez żadnych zakłóceń skoro procesowi renderingu został przydzielony niski priorytet.

Nie jest konieczne przydzielanie dużej liczby trajkotów aby otrzymać dobrze wyglądające zdjęcie, spróbuj użyć opcji "use meshes".

	Z Meshes	Bez Meshes
Gładkość = 3
Gładkość = 6

Obecne ograniczenia

Etykiety nie są jeszcze poddane renderingowi (ale mogą z pomocą POV-Ray 3).

Kiedy chcesz stworzyć obrazy stereoskopowe musisz poddać renderingowi obrazek dwa razy (po 1 na każde oko). Następnie połączyć je manualnie swoim ulubionym programem graficznym.

Obrazki pojawiają się w 256 kolorach na ekranie, ale będą zawsze zapisywane w 1 mln kolorów.

Będziesz musiał przeznaczyć wystarczająco druzo pamięci RAM dla programu po to aby cały obrazek (24 bity) mógł się tam zmieścić.

Pov-Ray

Jeżeli będziesz chciał otrzymać obrazy lepszej jakości niż te domyślne lub lepsze niż OpenGL potrafi zapewnić, możesz wyeksportować grafikę do POV jako zapis obecnej molekuły. Uzyskasz dzięki temu jakość jaką zapewnia metoda śledzenia promieni (Ray-tracing) i będziesz mógł dodać efekty takie jak odbicia, załamania, przezroczystość oraz cienie. Metoda ta jest ogromnym pożeraczem czasu dla PC, więc dobrym pomysłem będzie użycie innych modułów do ustawienia widoku takiego jaki będzie ci odpowiadał.